Die Nahrungsmittelagentur wird teilweise durch Abgaben und Vergütungen, die Anbieter der Nahrungsmittelkette, die der Kontrolle durch die Nahrungsmittelagentur unterliegen, zahlen müssen, finanziert.
Die Vergütungen sind Beträge, die an die Dienstleistungen gebunden sind: Entlohnungen für erwiesene Dienstleistungen, zum Beispiel die Ausstellung von Zertifikaten, angefragte Kontrollen oder Audits.
Die Abgaben werden in allen Sektoren erhoben, die in der Nahrungsmittelkette tätig sind oder bei denen die FASNK Kontrollaufgaben durchführt.
Sie sollen einen Teil der Kosten der Kontrollaufträge der FASNK decken