Certains secteurs ont pris l'initiative d'élaborer et de mettre en œuvre un plan d'échantillonnage au niveau sectoriel. Les plans d'échantillonnage sectoriels suivants sont pris en compte par l'AFSCA dans le programme de contrôle :
| Gestionnaire | Sujet |
Lien Avis SciCom NL |
Lien Avis SciCom FR |
| BFA |
Alimentation animale |
Advies 16-2004 | Avis 16-2004 |
| Belgapom |
Pomme de terre |
Advies 16-2010 | Avis 16-2010 |
| Febev |
Viande de porc |
Advies 24-2020 | Avis 24-2020 |