Le Comité consultatif de l’AFSCA fournit, de sa propre initiative ou à la demande du Ministre ou de l’Administrateur délégué, des avis sur les matières ayant trait à la politique suivie et à suivre par l’AFSCA. Il constitue également une plateforme de concertation permettant une discussion en toute transparence entre l’AFSCA et ses partenaires sur des points d’actualité, l’évolution de la réglementation, le financement, les obstacles à l’exportation, etc.
Ce Comité se compose d’une quarantaine de membres représentant les principaux secteurs professionnels, les associations de consommateurs et les autorités concernées par le fonctionnement de l’Agence : les organisations de consommateurs, le secteur de la production agricole, le secteur de la fabrication d’aliments pour animaux, les organisations actives dans l’industrie alimentaire, l’industrie chimique, le commerce relevant de la compétence de contrôle de l’AFSCA, l’horeca, le secteur du transport, les SPF Santé publique et Economie, les Régions et Communautés.
Il est présidé par l'Administrateur délégué de l'AFSCA. Ce comité a une fonction consultative importante.