L'AFSCA englobe tous les services de contrôle compétents pour l'ensemble de la chaîne alimentaire. Elle contrôle non seulement les denrées alimentaires, les aliments pour animaux, les engrais et les produits phytosanitaires mais elle est également responsable de la prévention et de la lutte contre les maladies animales ainsi que des aspects phytosanitaires (secteur des végétaux). Ses tâches comprennent également l'élaboration de règlementation opérationnelle pour les contrôles, la certification et les normes d'infrastructure auxquels les entreprises actives dans la chaîne alimentaire doivent se conformer. En outre, l'AFSCA gère toutes les communications pour les matières qui relèvent de sa compétence et accorde une attention particulière à l'information des consommateurs.
Pour la réalisation de ses missions, l’AFSCA peut compter sur :
- environ 1 380 collaborateurs répartis entre :
- les services centraux, certifiés ISO 9001 (environ 500 collaborateurs) ;
- 9 unités locales de contrôle (ULC) accréditées ISO 17020 (environ 710 collaborateurs) ;
- 5 laboratoires internes accrédités ISO 17025 (environ 140 collaborateurs) ;
- un service menant des enquêtes anti-fraude coordonnées : l'Unité nationale d'enquête (UNE) (environ 30 collaborateurs) ;
- une étroite collaboration avec les différents services publics fédéraux et régionaux, y compris la police et les douanes, ainsi qu'avec des institutions privées ;
- environ 570 (560 en 2018) chargés de mission (CDM), principalement des vétérinaires indépendants mais aussi des bioingénieurs, des ingénieurs industriels, des bacheliers ou des masters, soit environ 300 ETP, qui effectuent des tâches de contrôle (principalement des inspections ante mortem et post mortem à l'abattoir) et des tâches de certification sous la supervision de fonctionnaires. Dans l'exercice de leurs missions pour l'AFSCA, les "vétérinaires CDM" sont considérés comme des vétérinaires officiels ;
- un réseau d'environ 60 laboratoires externes agréés par l'AFSCA et 9 laboratoires nationaux de référence ;
- un budget d'environ 175 millions d'euros pour les recettes et 195 millions d'euros pour les dépenses.