De missie van het FAVV is te waken over de veiligheid van de voedselketen en de kwaliteit van het voedsel met het doel de gezondheid van de consumenten, dieren en planten te beschermen.
Het netwerk van de laboratoria heeft als kerntaak nauwkeurige resultaten af te leveren en dit binnen een afgesproken en zo kort mogelijke levertijd en aan een economische prijs.
Het FAVV beschikt over 5 eigen laboratoria. De FAVV laboratoria zijn open elke werkdag van 8.30 tot 12 uur en van 13 tot 16.30 uur.
Bovendien, werkt het FAVV samen met een zeventigtal externe laboratoria en een aantal laboratoria die specifiek actief zijn op het gebied van de diergezondheid en gespecialiseerd zijn in het opsporen van dierziekten en het uitvoeren van autopsieën.