De kernopdracht van het FAVV is het houden van toezicht op de voedselketen door middel van controles. Het FAVV voert zijn taken uit aan de hand van een jaarlijks geactualiseerd controleprogramma, aangevuld met specifieke acties. Niet-geplande maar noodzakelijke controles worden binnen redelijke termijnen uitgevoerd. De inspectie- en bemonsteringsprogramma's zijn statistisch onderbouwd en gebaseerd op objectieve parameters.
Het FAVV beschikt over een netwerk van performante laboratoria: 5 eigen laboratoria die voortdurend de nieuwste technologieën opvolgen, een netwerk van ongeveer 70 externe door het FAVV erkende laboratoria en 8 referentielaboratoria die als "center of excellence" fungeren.
Resultaten van de monsternemingen
Aantal missies: 27.330
Aantal operatoren: 11.846
Totaal aantal monsternemingen: 67.592
Gunstige monsternemingen (%): 98
In onderstaande tabel wordt het aantal monsternemingen gegeven voor een aantal parameters. Tijdens een monsterneming kunnen meerdere soorten parameters worden geanalyseerd
De resultaten in het kader van de bestrijding van antibioticaresistentie zijn terug te vinden in het achtse jaarverslag over de activiteiten en resultaten '2024' gepubliceerd op de website van het FAVV.