Bepaalde sectoren hebben het initiatief genomen om vanuit een bemonsteringsplan uit te werken en te implementeren op sectorniveau. De volgende sectorale bemonsteringsplannen worden door het FAVV in rekening gebracht in het controleprogramma:
| Beheerder | Betreft | Link Advies SciCom NL | Link Advies SciCom FR |
| BFA | Diervoeders | Advies 16-2004 | Avis 16-2004 |
| Belgapom | Aardappelen | Advies 16-2010 | Avis 16-2010 |
| Febev | Varkensvlees | Advies 24-2020 | Avis 24-2020 |