Elk bedrijf actief in de voedselketen moet bij het FAVV gekend zijn en wordt systematisch en volgens een vooraf bepaalde frequentie (PDF) door het Agentschap gecontroleerd.
Als een controleur zich naar een bedrijf begeeft voor een inspectie, een monstername of een specifieke onderzoeksopdracht dan voert hij een missie uit.
Tijdens een inspectie wordt een controle van de activiteiten van een onderneming uitgevoerd. Er wordt gebruik gemaakt van een of meerdere checklist(en) om op een objectieve manier alle te controleren punten te evalueren. Aan elk te controleren punt wordt een bepaalde weging gegeven. Deze checklists zijn vrij in te kijken op de website van het Agentschap.
Tijdens een controle kunnen ook monsters genomen worden die voor analyses naar een laboratorium worden gestuurd.
Het gebeurt ook dat een controleur naar een bedrijf gaat met een specifieke onderzoeksopdracht, bijvoorbeeld omwille van een Europese waarschuwing, een collectieve voedseltoxi-infectie, een incident in de voedselketen, een onregelmatigheid bij de import of export van een product of na een klacht van een consument.
Het eindresultaat kan ofwel conform (gunstig, met of zonder opmerkingen) zijn, tot tevredenheid van iedereen, of niet conform (ongunstig). In dit laatste geval moeten er maatregelen getroffen worden. Die kunnen gaan van een waarschuwing tot een PV, een inbeslagname van een product, een tijdelijke sluiting wanneer de situatie dit vereist en de gezondheid van de consumenten in het gedrang komt en bij zeer hardleerse ondernemingen kan zelfs een intrekking van erkenning of toelating overwogen worden. Na elk minder goed resultaat volgt er steeds een betalende hercontrole en dit tot alles in orde is.